Il nome Amendolara deriva probabilmente dal latino amygdalaria (mandorlai), a causa dell'elevata produzione di mandorle. In base ai numerosi reperti archeologici ritrovati nella zona, si pensa che il territorio fosse abitato già nel periodo neolitico (6000-4000 a.C.) e che la presenza umana sia divenuta stabile nell'Età Protostorica (3500-8000 a.C.), quando una comunità enotria si insediò nella zona dell'odierno "Rione Vecchio".

Con la fondazione di Sibari da parte degli Achei, la maggior parte della popolazione che abitava l'insediamento protostorico del Rione Vecchio, nel VII sec. a.C. si trasferì nel luminoso e vasto pianoro di S.Nicola. In questo luogo è sorta la città magno-greca di Lagaria, che più in là diventerà Amendolara. Una leggenda narra che Epeo, famoso costruttore del Cavallo di Troia, dopo la distruzione della stessa, colto da una tempesta in prossimità delle nostre coste, promise alla Dea Atena di costruire una città devota alla stessa nel luogo in cui sarebbe sbarcato sano e salvo. La richiesta gli fu concessa così che Epeo la costruì, chiamandola Lagaria.

Dopo avere subìto la dominazione romana il paese ebbe una fiorente vita religiosa prima con l'attività bizantina, poi con quella circestense, come testimoniano le numerose Chiese e le grotte eremitiche collocate su gran parte del territorio. Con la costruzione del Castello, verso l'anno mille, cominciarono a comparire le Dinastie degli Svevi, degli Angioini, le Signorie dei Della Marra, dei Montalto, dei Cognetta, dei Gambacorta, dei S.Felice, dei S. Severino, dei Caraffa, dei Pignatelli di Cerchiara, dei Pignone, dei Castrocucco, dei Loffredo, dei De Nobili, dei Pignatelli di Bello sguardo ed infine dei Gallerano. Nel XV sec., sotto la signoria dei Sanseverino, nacquero due illustri scrittori e letterati, Pomponio Leto, fondatore dell'Accademia romana ad indirizzo archeologico, e Facio Patarino.

Nel XVI sec. i Domenicani costruivano il Convento e veniva eretta Torre Spaccata. Per circa due secoli seguirono anni di battaglie tra feudatari e Comune per la conquista dei terreni confiscati durante il periodo feudale. Nel 1700 gli appezzamenti, man mano divenuti vere e proprie "masserie", vennero divisi tra il Demanio comunale e lo Stato, che li vendette agli esponenti delle più potenti famiglie borghesi di cui oggi restano i palazzi gentilizi.

Nel corso del XIX secolo Amendolara fu centro di diffusione delle idee liberali, ma subì anche il saccheggio delle più importanti opere d'arte contenute nelle chiese. Nel 1848 la popolazione, ormai ridotta alla povertà, si ribellò contro i proprietari terrieri occupando le terre comunali di Straface. Miseria e disoccupazione portarono a un consistente flusso migratorio verso l'Argentina e il nord Italia che durò per circa un secolo. Gli amendolaresi rimasti, però, non si arresero e spinsero verso una ripresa economica, politica e culturale. Con la fine della Prima Guerra Mondiale, si assisteva alla ripresa dell'economia agricola e alle colture tradizionali, quali i cereali e le olive, si aggiungeva quella dei piselli che sarà destinata a diventare la più diffusa nel territorio di Amendolara.

Tra gli anni Sessanta e Settanta Amendolara ebbe un notevole sviluppo edilizio e nello stesso periodo si ebbero le prime scoperte archeologiche, grazie alla passione e alla dedizione del Dott. Vincenzo Laviola. La prima campagna di scavo ebbe inizio nel 1967 e ne seguirono altre, grazie alle quali è stato possibile determinare la storia delle popolazioni che si sono susseguite su questo territorio.